Der Schutz gefährdeter Tier- und Pflanzenarten zählt zu den ältesten und wichtigsten Bemühungen des Naturschutzes. Das Bundesnaturschutzgesetz (BNatSchG) enthält eine Reihe von Neuerungen zum Schutz aller wild lebenden Tier- und Pflanzenarten. Das Bayerische Naturschutzgesetz hat bisher gleichartige Regelungen enthalten, die nun in eine einheitliche Bundesregelung überführt wurden.

So dürfen zum Beispiel Hecken, lebende Zäune, Gebüsche und andere Gehölze in der Zeit vom 1. März bis zum 30. September nicht abgeschnitten oder auf den Stock gesetzt werden. Neu ist, dass diese Vorschrift nun auch für den Hausgarten gilt. Zulässig sind jedoch schonende Form- und Pflegeschnitte. Das zeitlich beschränkte Schneideverbot dient dem allgemeinen Schutz aller Arten, außerdem sollen das Blütenangebot für Insekten während des Sommerhalbjahres erweitert, brütende Vogelarten geschützt sowie Gehölze als Brutplatz in der Saison erhalten werden.

Das bisherige generelle Verbot des Bayerischen Naturschutzgesetzes hinsichtlich der Beseitigung beziehungsweise Rodung von Hecken, lebenden Zäunen, Feldgehölzen oder Gebüschen in der freien Natur, bleibt jedoch weiterhin bestehen und wird durch das neue Bundesnaturschutzgesetz nicht aufgehoben.
Das oben genannte Schneideverbot in der Zeit vom 1. März bis zum 30. September gilt nun grundsätzlich auch für Bäume im besiedelten und nicht besiedelten Bereich. Ausgenommen sind Bäume im Wald, auf Kurzumtriebsplantagen oder gärtnerisch genutzten Grundflächen. Kurzumtriebsplantagen sind Flächen, die bei einer Umtriebszeit von bis zu 20 Jahren ausschließlich mit schnellwachsenden Baumarten bestockt sind. Die gärtnerische Nutzung umfasst auch Hausgärten und Kleingartenanlagen. Gleiches gilt für Streuobstwiesen. Keine gärtnerische Nutzung gilt für Grünflächen, Parkanlagen und sonstige Außenanlagen, so dass Bäume auf Sportplätzen, Böschungen und Straßengräben dem oben genannten Schneideverbot unterliegen. Vom Verbot ausgenommen sind jedoch schonende Form- und Pflegeschnitte, Schnitte zur Gewährleistung der Verkehrssicherungspflicht sowie genehmigte Maßnahmen.

Bereits verboten war, die Bodendecke auf Wiesen, Feldrainen, Hochrainen und ungenutzten Grundflächen sowie an Hecken und Hängen abzubrennen. Nun stehen auch Gras- und Krautstreifen zwischen Äckern und Wegen und die Grünstreifen unter einem speziellen Schutz. Hierbei geht es um den Einsatz von Spritzmitteln sowie das Mähen und Mulchen dieser Flächen, das in der Hauptbrutzeit nach dem neuen Bundesnaturschutzgesetz verboten ist. Denn auf diesen schmalen Streifen brüten viele Feldvögel oder suchen ihre Nahrung. Es ist daher für diese Tiere überlebenswichtig, dass diese Streifen und Wege nicht schon zur Brutzeit gemäht oder gemulcht werden.

Neu ist auch, dass Höhlen, Stollen, Erdkeller oder ähnliche Räume, die als Winterquartier von Fledermäusen dienen, vom 1. Oktober bis zum 31. März nicht aufgesucht werden dürfen. Ausgenommen sind geringfügig störende Handlungen (z. B. Nutzung als Kartoffelkeller). Fledermäuse zählen zu den besonders und streng geschützten Tierarten und sind hochgradig gefährdet.
Zuwiderhandlungen sind eine Ordnungswidrigkeit und können mit einer Geldbuße geahndet werden. Sollte ein zwingender Grund für die Beseitigung einer Hecke, eines Feldgehölzes oder ähnliches in der freien Natur vorliegen, so kann ein Antrag auf Befreiung beim Landratsamt Kitzingen – untere Naturschutzbehörde – gestellt werden. Die Befreiung ist jedoch an bestimmte Voraussetzungen geknüpft.